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本遺址舊稱太加蚋保貝塚，1901年由佐藤傳藏首次報導，不過根據田代安定、伊能嘉矩等人的著書顯示，此遺址似乎發現的年代可能更早。佐藤傳藏與伊能嘉矩在這里調查發現陶器、石器、玉器以及大量的貝殼，日治中期對這個遺址沒有進行調查與研究，直到日治末期才由金關丈夫與國分直一在當時的臺北第一中學（即現在的建國中學）校園-作調查，根據他們兩位在1954年的報告，當時在植物園與建國中學附近雖然發現伴有貝塚的遺址，但後來貝塚已經漸漸消失，考古學者對遺址的情況也不太清楚；經過金關丈夫與國分直一多次的調查，發現文化層仍保存在相當廣泛的區域，植物園、建國中學到龍口里一帶都有遺物出土。二次世界大戰以後有關植物園遺址的調查與研究，一直處於停滯的狀態，後來歷史博物館、林業試驗所、國語實小等建筑物陸續興建後，已經對此遺址造成很大的損害，不過經過1980年與1990年由黃士強、劉益昌、劉鵠雄等對遺址再做調查，以及1999年由劉益昌、郭素秋進行試掘工作，證實植物園遺址還殘存著部份的文化層堆積。
經過多次的調查與試掘工作，植物園遺址陸續出土了不少遺物，包括了陶容器、陶蓋、陶紡輪等陶質遺留，石錛、石鑿、匙形石斧、巴圖型石斧及有段石錛等石器，以及玉器與貝殼遺留等。考古學家根據遺址內出土的陶片特徵，發現此遺址有以方格印紋為主的陶片，以及與十三行遺址出土相似的紅褐色幾何紋陶片，因此認為植物園遺址應該至少包含了兩個文化內涵：距今約兩千五百年前至一千八百年前的植物園文化，以及距今一千八百年前至四百年前左右的十三行文化。有關這個遺址的重要文獻包括了＜-先史考古學における近年の工作＞（金關丈夫、國分直一1954）、＜-先史時代の貝塚＞（國分直一1962）、《臺北市考古遺址調查與研究》（劉益昌、郭素秋2000）、《臺北市植物園遺址采集資料整理研究計畫》（陳得仁、郭素秋等2004）等。植物園遺址是植物園文化的代表性遺址，考古學上的植物園文化也是以此遺址來命名，臺閩地區考古遺址普查研究計畫評監本遺址具有可以被列為古蹟的重要性，因此建議政府將植物園遺址指定為古蹟，而此遺址的存在與其所代表的文化內涵，也協-古學者更了解臺北盆地的史前文化年代序列與內容。
參考資料 劉益昌、郭素秋《臺北市考古遺址調查與研究》。臺北市政府民政局委托研究，臺北市：民政局，2000
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