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修業年限為預科一年，本科為四年。
初期課程，預科有動物學、植物學、物理學、化學、數學、地理、歷史、倫理、外國語、體操等。本科有解剖學及實習、物理學及實驗、醫用動物學、醫用植物學、胎生學、組織學、皮膚科學、處方學、調劑術實習、藥物學、病理學總論、外科學總論、病理解剖、診斷學、繃帶學、病理學各論、外科各論、梅毒學、小兒科學、醫用機械學、外科手術學、內科學臨床實驗、法醫學、精神病學、婦人病學、衛生學、衛生制度、細菌學、醫學歷史、外國語、體操等；後漸有修正。
初創時期，沒有入學考試，具名推薦即可，學生入學的資格也訂得極低；只須公學校初等科、聽懂日語、年滿十六歲便有報考資格。此時創設給費生制度不收注冊費，反由學校給予生活費及雜費。
臨床實習方面，早期的醫學校沒有屬於自己的醫院，只能由遠路到臺北仁濟院或行旅病人收容所做臨床實習。1905年高木友枝爭取紅十字病院作為實習醫院，逐步實施臨床實習和教學。
解剖用的屍體初期以沒有家屬的病死受刑人，或沒有家屬的死刑犯為主。1908年「臺灣全終會」成立─由自愿提供自己死後的身體作系統解剖教材之用之有志之士，提供解剖實習用的屍體，才不再以受刑人為主要來源。
大約第五屆開始，校方乃決定采行考試甄選方式，且規定需要公學校畢業，才具資格報考。至少在1909年時，醫學校已經分為給費生及自費生，入學考試成績較差者為自費生；公費生的條件是畢業後必須在公立醫療機構服務五年。
1906年增加公醫養成、熱帶醫學研究兩項任務。1915年(大正4年)醫學校為華僑設置修業年限三年之特設科，專收華南中國籍學生及居留中國之一部分臺灣子弟。1918年新設置醫學專門部，規定以養成日籍男醫師為目的，修業年限為四年。同年設熱帶醫學專攻科，修業年限一年。
1919年改制為醫學專門學校，預科4年本科4年，預科入學資格為公學校6年畢業。1922年隨新臺灣教育令發布，實施共學制。1927年(昭和2年)改稱為臺灣總督府臺北醫學專門學校。1936年臺北帝大成立醫學部，并入帝大為附屬醫學專門部。
參考資料
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