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其類的其他藥物一樣，阿巴卡韋是一般耐受性良好。但是，可能會出現嚴重的副作用。最值得注意的是過敏反應。

約五至百分之八的成人和兒童服用此藥的經驗一個可以包括下列癥狀的過敏綜合征：

癥狀通常出現與阿巴卡韋治療的前6個星期內，在以前的研究中，95%的人對藥物的報道出現上述癥狀中至少有兩個。

這種綜合征可意想不到的，可以發生在從來沒有接受過阿巴卡韋之前，以及在人們已采取幾個月。過敏癥通常開始阿巴卡韋六個星期內開始，但也可能需要長達一年出現 。最常見的時間是大約11天治療。如果不積極治療這種綜合征是和阿巴卡韋停止，可能出現并發癥，包括肝和腎功能衰竭，休克和死亡 。不幸的是，癥狀可以有所不同，這使得診斷棘手 。

一個偉大的交易是在診斷阿巴卡韋反應時的股權。因為，雖然最好的治療方法是停止藥物，它不能安全地將被停止后重新啟動，因為一個更糟糕的反應死刑的可能結果。[2]由于病人的安全和在治療阿森納失去一種藥物是在危急關頭，過敏和決定停止阿巴卡韋的診斷必須進行艾滋病毒的醫生與病人的密切磋商 。

有最近的數據表明，有可能是遺傳因素影響的人服用阿巴卡韋的超敏反應綜合征的發展。 [3] 的類型的一個基因(等位基因)，過敏，HLA - B * 5701， 比別人更在世界一些地區的共同 。例如，在白種人中，約有4%的人擁有的等位基因 。

最近的研究發現篩選人的HLA - B * 5701等位基因，并避免藥物在人，大大降低了過敏反應的發生率。這些研究是如何使用的例子藥理學，以提高病人的安全。

其他人服用阿巴卡韋的副作用包括以下內容：

這些副作用已報告人服用阿巴卡韋，以及與其他抗逆轉錄病毒藥物，如拉米夫定，依非韋倫， 和齊多夫定 。

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